<<
>>

ИНТЕГРИРОВАННЫЕ ПАКЕТЫ ПРОГРАММ Chem3D (www.cambridgesoft.com)

Входящая в состав коммерческого программного па­кета ChemOf f ice программа Chem3D предназначена для мо­делирования молекулярных структур и графической ви­зуализации молекул и белков, участвующих в химических и биологических процессах.

Обеспечивает визуализацию и просмотр молекулярных поверхностей, орбиталей, элек­тростатических потенциалов, плотности заряда и плотно­сти вращения. Использует данные программ Gaussian, GAMESS, Jaguar, МОР АС. Для расчета свойств молекул применяется расширенный метод Хюккеля, в расчетах методами молекулярной механики — силовые поля ММ2, MMFF94.

HyperChem (www.hyper.com)

Программный комплекс HyperChem (последняя вер­сия 8.0) включает программы, реализующие квантовохи­мические методы расчета «из первых принципов» и полу- эмпирические методы, а также методы моделирования в молекулярной механике и молекулярной динамике. Си­ловые поля, используемые в HyperChem, — ММ+ (на базе ММ2), Amber, OPLS и BIO+ (на базе CHARMM). Реализо­ваны полуэмпирические методы: расширенный метод Хюккеля, CNDO, INDO, MINDO/3, MNDO, AMI, РМЗ, ZIND0/1, ZINDO/S. Возможность расчетов методами ССП МО ЛКАО и по теории возмущений Меллера-Плессе вто­рого порядка. Комплекс обладает развитыми средствами визуализации, которые могут использоваться как при под­готовке входной информации (структуры молекулы), так и при анализе результатов, например рассчитанных харак­теристик ИК- и УФ-спектров. Основной интерес HyperChem может представлять для биохимиков, так как особенно­сти реализации программы (легкость построения самых сложных молекул и кластеров, использование методов молекулярной механики ит. д.) позволяют в наглядной форме исследовать свойства биомолекул и их систем. Рас­пространяется на коммерческой основе.

NWChem

(www.emsl.pnl.gov/docs/nwchem/nwchem.html)

В некоммерческом пакете NWChem (Northwest Com­putational Chemistry Software) реализовано большое ко­личество расчетных квантовомеханических методов: «из первых принципов», полуэмпирические, молекулярной механики и динамики, методы Монте-Карло. Предназна­чен для расчетов как на высокопроизводительных парал­лельных суперкомпьютерах, так и для обычных класте­ров рабочих станций.

SPARTAN (www.wavefun.com)

В программный комплекс (последняя версия — SPAR- TAN’08) интегрированы методы молекулярной механики (силовые поля SYBYL и MMFF94); полуэмпирические ме­тоды квантовой химии (MNDO, AMI, RM1 и РМЗ) с раз­личными моделями учета сольватационных эффектов; ме­тоды квантовой химии «из первых принципов» — ССП МО Л КАО, теория возмущений Мел лера-П лессе второго по­рядка. Имеются встроенные базисы ST0-3G, 3-21G, 6-31G, 6-311G, cc-pVDZ, cc-pVTZ и cc-pVQZ. Комплекс обладает развитыми графическими средствами GUI и имеет интер­фейсы с другими программами.

8.1.

<< | >>
Источник: Ибрагимов И. М., Ковшов А. Н., Назаров Ю. Ф.. Основы компьютерного моделирования наносистем: Учебное пособие. — СПб.. 2010

Еще по теме ИНТЕГРИРОВАННЫЕ ПАКЕТЫ ПРОГРАММ Chem3D (www.cambridgesoft.com):

  1. ИНТЕГРИРОВАННЫЕ ПАКЕТЫ ПРОГРАММ Chem3D (www.cambridgesoft.com)