ПРОГРАММЫ ДЛЯ МОДЕЛИРОВАНИЯ В МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКЕ Amber (ambermd.org)

Программный комплекс Amber (Assisted Model Build­ing with Energy Refinement) состоит из набора силовых полей для моделирования макромолекулярных структур (белки, нуклеиновые кислоты и ряд других классов моле­кул) и пакета программ квантовой и молекулярной меха­ники (около 50 программ в последней версии Amber 10).

CHARMM (www.charmm.org)

Пакет программ CHARMM (Chemistry at HARvard Ma- cromolecular mechanics) используется для молекулярного моделирования различных систем — от небольших моле­кул до сольватированных комплексов биологических макромолекул с применением различных энергетических функций и моделей — от квантовых моделей и силовых полей в молекулярной механике до полноатомных клас­сических потенциалов.

COSMOS (www.cosmos-software.de)

Коммерческий пакет (последняя версия COSMOS 5.0 Pro) предназначен для компьютерного моделирования мо­лекулярных структур, в том числе кристаллических, на ос­нове гибридных силовых полей и различных методов моле­кулярной динамики. Пакет также используется для расче­тов спектров ЯМР, включая тензоры химического сдвига.

CPMD (www.cpmd.org)

В программе CPMD (Car-Parrinello Molecular Dynamics) применяется распределенная реализация теории функцио­налов плотности с использованием плоских волн и псевдо­потенциалов для расчетов «из первых принципов» в мо­лекулярной динамике. Для некоммерческих организаций является бесплатной.

DLJPOLY

(www.cse.scitech.ac.uk/ccg/software/DL_POLY/)

Пакет для моделирования молекулярной динамики сложных систем с проведением как последовательных, так и параллельных расчетов. В настоящее время доступны две версии: DLP0LY2 и DL P0LY 3. В первой версии возможны параллельные расчеты с обработкой повторяю­щейся информации (моделирование до 30 000 атомов на 100 процессорах), во второй версии параллельные расче­ты могут проводиться с декомпозицией расчетных облас­тей (расчет до 1 млн атомов с использованием от 8 до 1024 процессоров).

GROMACS (www.gromacs.org)

Обширный пакет программ для быстрого моделирова­ния динамики крупных молекулярных систем (от тысяч до миллионов частиц). Предназначается главным образом для моделирования биомолекул (белки и липиды), имею­щих много связанных взаимодействий между атомами. Работает в среде Linux и распространяется свободно.

LAMMPS (lammps.sandia.gov)

Некоммерческий пакет LAMMPS (Large-scale Atomic/ Molecular Massively Parallel Simulator) использует мето­ды классической молекулярной динамики для моделиро­вания и расчетов полимеров, биомолекул, твердых веществ (металлов, полупроводников ит. п.), а также крупнозер­нистых мезоскопических систем в атомном, мезоскопиче­ском и континуальном масштабах.

MacroModel (www.schrodinger.com)

Коммерческий пакет предназначен для расчетов мо­лекулярных систем на основе моделей силовых полей.

MacroModel используется также для исследований моле­кулярных конформаций, движения молекул, межмолеку­лярных взаимодействий, в частности в системах лиганд- рецептор.

МОЕ

(www. chemcomp. com)

МОЕ (Molecular Operating Environment) — комплекс программ для моделирования молекул, в частности боль­ших биомолекул. Методы молекулярной механики и ди­намики разработаны в нем на основе различных силовых полей.

NAMD

(www. ks. uiuc. edu/Research/namd /)

Параллельная объектно-ориентированная программа для расчетов в области интерактивной молекулярной ди­намики, в частности для моделирования больших биомо­лекул ярных систем, требующего значительных ресурсов. Программный код свободно распространяется для различ­ных параллельных вычислительных платформ.

PCModel

(www. ser enasof t .com)

Коммерческий пакет для моделирования различных молекулярных структур с использованием различных силовых полей в молекулярной механике. Поддержи­вает многие квантовохимические программы расчетов «из первых принципов» (ADF, Jaguar, Q-Chem, Turbo­mole и др.)

TINKER

(dasher. wus 11. edu / tinker /)

Свободно распространяемый пакет программ для мо­лекулярной механики и динамики. Доступны разнообраз­ные инструменты для оптимизации геометрии молекул, нахождения геометрии переходных состояний и т. д. Си­ловые поля — ММ2, ММ3, AMBER и др. Возможно моде­лирование больших биологических молекул.

8.1.